ملامحمد تقي، در سال ۱۱۸۴ ق در قزوين به دنيا آمد. پدرش «ملا محمد ملائكه برغاني» صاحب «تحفه الابرار» و «الدرّ الثمين» از مجتهدان اصولي بود و با علماي اخباري مانند «ملا خليل قزويني» و «شيخ يوسف بحراني» مناظرات علمي ترتيب مي‌داد و فرزندانش محمد تقي و محمدصادق از كودكي با شيوه‌هاي مبارزات فكري رشد مي‌كردند.

شهيدثالث، تحصيلات ديني را در قزوين و نزد پدرش و نيز ملاآقا بيدآبادي آغاز كرد. سپس در قم به محضر ميرزاي قمي شتافت. مدتي نيز در اصفهان به تحصيل پرداخت و در ‌نهايت به عتبات رفت و از محضر شيخ جعفر كاشف الغطاء، سيد علي طباطبايي اصفهاني حائري (صاحب رياض)، محمد باقر وحيد بهبهاني، سيد محمد طباطبايي (از رهبران مبارزات مردمي با روس‌ها و معروف به سيد محمد مجاهد) و… بهره برد و به اجتهاد رسيد.
وي سپس به تهران هجرت كرد و به تدريس و ارشاد مردم پرداخت. مدتي بعد به شهر خويش بازگشت. مكتب علمي او براي فضلائي مانند برادرش شيخ محمد صالح برغاني، ميرزا محمد تنكابني، سيد محمد حسين قزويني، سيدصفدر و فرزندش سيدجمال‌الدين اسدآبادي و… جاذبه داشت.
اين مكتب‌علمي، كانون مبارزه با انحرافات فكري شيخيه و بابيه و برگزاري مناظره‌ها و مباحثات علمي بود. ملامحمدتقي برغاني شخصاً با «شيخ احمد احسائي» موسس شيخيه مناظره كرد و وقتي انحراف وي را در «اصول دين»، «معاد» و «وجود مقدس حضرت ولي عصر (عج) » آشكار ساخت نسبت به پيامدهاي اين انحراف هشدار داد. بعد‌ها پيش‌بيني ملامحمدتقي، محقق شد، چرا كه بابيت و بعد بهائيت با تكيه بر همين انحراف «شيخ احمد» حزب استعماري خود را بنا نهادند. با اين حال «شيخ احمد» با تكيه بر حمايت‌هاي «ميرزا آغاسي» وزير فتحعليشاه، بر انديشه‌هاي خود اصرار كرد و ملامحمدتقي، به ارتداد او حكم داد. از اين پس «شيخ احمد» به هر سو مي‌رفت پيشاپيش مي‌ديد مكاتبات ملامحمدتقي با علماي بلاد انحرافاتش را آشكار كرده است تا اينكه در سفر حج درگذشت. پس از شيخ احمد، رياست شيخيه به «سيدكاظم رشتي» رسيد. او همانند شيخ احمد، مردم را به جستجوي «شيعه كاملي كه» باب امام زمان «باشد فرامي‌خواند. در مكتب او جمعي از جوانان ماجراجو مانند علي محمد شيرازي و زرين‌تاج (قره العين) بنت محمدصالح-برادر‌زاده ملامحمد تقي برغاني- حضور مي‌يافتند. چون سيد كاظم درگذشت، علي‌محمد شيرازي دعوي جانشيني او كرد و صريح‌تر از سيدكاظم رشتي خود را» باب امام «ناميد. وي در سالهاي بعد در سايه حمايت‌هاي عمال استعمار، ادعاي» مهدويت «،» نبوت «و» الوهيت «كرد.
در اين ميان، مكتب برغاني با برگزاري جلسات مناظره و ارشاد مردم ابعاد توطئه دين ستيزانه استعمارگران را براي مردم تبيين مي‌كرد و در مقابل، گروهي مانند زرين تاج (قره العين)، ميرزا حسينعلي‌نوري (بهاء) و برادرش صبح‌ازل، ادعاهاي علي محمد شيرازي را رواج مي‌دادند. آن‌ها براي پيشبرد اهداف استعمارگران به ترور ملامحمدتقي دست زدند. با توطئه زرين تاج، ملامحمدتقي هنگام اقامه» نماز شب «ترور شد. وي دو روز در بستري بيماري بود تا اينكه در ۲۹ جمادي‌الاولي ۱۲۶۴ ق به شهادت رسيد. پيكر وي را پس از تشييع در مسجدي در قزوين به خاك سپردند. اين مسجد كه در نزديكي حرم امامزاده حسين (ع) قرار دارد به احترام او «مسجد شهيد ثالث» ناميده شد.
از شهيد ثالث آثار متعددي از جمله رسائلي درباره» نماز جمعه «،» طهارت «،» نماز و روزه «،» قضاي نماز‌ها «،» ديات «و نيز» عيون الاصول «، در دو جلد،» منهج الاجتهاد «در ۲۴ جلد،» ملخّص العقائد «،» مجالس المتقين «و… برجاي مانده است.

یاد و خاطره اش گرامی باد . خداوند به علمای حاضر طول عمر و به درگذشتگان رحمت و هم نشینی با ائمه اطهار اعطا بفرماید .